Ein Reporter der Nachrichtenagentur Reuters beobachtete am Sonntag, wie Nawalny von Beamten festgehalten und in ein Polizeifahrzeug gebracht wurde.
Hunderte Demonstranten sammelten sich um den Bus und versuchten, diesen am Wegfahren zu hindern.
Nawalny hatte zu Protesten gegen Korruption in 100 russischen Städten aufgerufen.
Die Demonstration im Zentrum Moskaus wurde von der Stadtverwaltung nicht genehmigt. Die Organisatoren hätten alternative Orte am Stadtrand abgelehnt, teilte die Staatsanwaltschaft mit.
Die Staatsanwaltschaft hatte Nawalnys Anhängern für den Fall einer Teilnahme an unerlaubten Demonstrationen mit hartem Durchgreifen gedroht.
Trotzdem versammelten sich im ganzen Land Demonstranten. Im Zentrum der sibirischen Stadt Nowosibirsk gingen rund 2000 Menschen auf die Strasse, sie hielten Schilder mit der Aufschrift «Nein zur Korruption» in die Höhe, wie die örtliche Nachrichtenwebsite Sib.fm berichtete.
In Krasnojarsk und Omsk demonstrierten rund 1500 Menschen gegen Korruption; in Wladiwostok im Fernen Osten rund 700 Menschen. Laut der lokalen Website Prima Media wurden rund zehn Menschen festgenommen. In Jekaterinburg im Ural versammelten sich laut der Website Znak.com etwa tausend Demonstranten.
Nawalny hatte Anfang März in einem Video Regierungschef Dmitri Medwedew Korruption im grossen Umfang vorgeworfen. Mit seinem Fonds zur Bekämpfung der Korruption veröffentlichte er Belege für die angebliche Bestechlichkeit ranghoher Staatsdiener.
Das 50-minütige Video wurde von mehr als elf Millionen Menschen angeschaut. Medwedew selbst reagierte nicht auf den Bericht. Nawalny prangert in seinem Blog seit Jahren die Korruption russischer Eliten an.
2018 will Nawalny bei der Präsidentenwahl gegen Wladimir Putin kandidieren, der wahrscheinlich zur Wiederwahl antritt. Allerdings hatte ein Gericht in der Stadt Kirow Nawalny im Februar zu einer Haftstrafe von fünf Jahren auf Bewährung verurteilt. Es hatte den 40-Jährigen auch im Wiederaufnahmeverfahren der Unterschlagung für schuldig befunden.
Nawalny hat die Vorwürfe zurückgewiesen und angekündigt, in Berufung zu gehen. Er wirft den Behörden vor, ihn mit dem Urteil an der Kandidatur hindern zu wollen. (SDA)